A krokodilok (Crocodylia) a hüllők (Reptilia vagy Sauropsida) osztályába tartozó egyik rend. A legfejlettebb hüllőcsoportnak tekinthetők, ma élő legközelebbi rokonaik amadarak (Aves), melyekkel monofiletikus csoportot alkotnak, tehát testvércsoportjaik egymásnak (akármilyen abszurdnak tűnik). A krokodilok a hüllők osztályának Archosauromorpha alosztályágába tartoznak, legközelebbi rokonaik az Aetosauria, Phytosauria,Rauissuchia rendek. E négy csoportot Crurotarsi kládba vonják. Az ezzel testvércsoport Ornithodira kládba tartoznak a repülő őshüllők(Pterosauria) és a dinoszauruszok (Dinosauria), ahová a madarak is beoszthatók.