A házi egér fej-törzs-hossza 7-10 centiméter, a farok rövidebb a törzsnél, testtömege körülbelül 30 gramm. Szőrzete meleget és védelmet nyújt, a szaga dohos, egérszagú. Színe a sárgásbarnától a szürkésfeketéig terjedhet. A kolónia tagjai kölcsönösen tisztogatják egymás bundáját. A házi egér olyan jól alkalmazkodott az emberi környezethez, hogy hideg körülmények között különösen hosszú szőrzetet növeszt; így képes akár egy hűtőház fagyos helyiségében is utódokat nevelni (−7 Celsius-fok). A látása nagyon gyenge; az egér csak közvetlen közelről ismeri fel a tárgyakat. A szaglása kifinomult; a táplálék, illetve más egerek nyomára vezeti az állatot. A hallása is fejlett; az egér érzékeli a 100 kHz-es hangokat is (80 kHz-cel többet, mint az ember). Amikor egymással kommunikálnak vagy elveszett kölykeiket keresik, magas hangon cincognak. Több, földrajzilag elkülönült alfaja ismert, amelyek jól alkalmazkodtak a helyi adottságokhoz, megkülönböztető bélyegeik genetikailag is rögzültek.